Até o final da década de 90, o setor se dividia entre manipulação alopática e homeopática; Se restringia na manipulação de formulações personalizadas prescritas apenas por algumas especialidades médicas, como dermatologia, endocrinologia, ginecologia, reumatologia, entre outras. Para alguns empresários, esse foi o período mais rentável do setor, pois quase não havia concorrência e o investimento no processo de produção, qualificação e garantia de qualidade era muito menor do que o aplicado atualmente.
Porém, sem uma legislação direcionada ao mercado era comum a discussão sobre a qualidade do medicamento produzido nas farmácias magistrais. Mas em 2000, com o marco da criação da RDC 33/2000, voltada exclusivamente ao setor magistral e o advento do medicamento genérico, a classe médica passou a prescrever utilizando o nome do princípio ativo ao invés da marca, permitindo que as farmácias de manipulação pudessem aviar esses medicamentos. Nesse instante houve a explosão do número de farmácias magistrais, que já não se dividiam mais entre alopáticas e homeopáticas, além das drogarias que passaram a implantar em seus estabelecimentos laboratórios de manipulação e começaram a produzir fórmulas magistrais, aumentando ainda mais a concorrência.
Hoje, as farmácias de manipulação atendem praticamente todas as especialidades médicas, têm uma legislação direcionada, um trabalho intensivo de valorização do medicamento manipulado através de órgãos de classe, além da divulgação das farmácias de manipulação de forma independente. Para se ter uma ideia da concorrência que o setor magistral vive hoje, segundo a Associação Nacional dos Farmacêuticos Magistrais e o Conselho Federal de Farmácia, em 2010 o setor magistral possuía aproximadamente 10% de todo o mercado de medicamentos no Brasil, que é o oitavo maior mercado do mundo nesse segmento, e contava com 7164 farmácias de manipulação e mais 1082 que atendem exclusivamente homeopatia.
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